ProjectNext GeneSiS – Next-Generation Sequencing diagnostics of bacteremia in Sepsis (Next GeneSiS-Trial)

Basic data

Acronym:
Next GeneSiS
Title:
Next-Generation Sequencing diagnostics of bacteremia in Sepsis (Next GeneSiS-Trial)
Duration:
4/1/2019 to 4/1/2021
Abstract / short description:
Das Krankheitsbild der Sepsis stellt eine der größten Herausforderungen der modernen Intensivmedizin dar. Im Hinblick auf eine zielgerichtete antiinfektive Therapie kommt dem frühestmöglichen Keimnachweis eine entscheidende Bedeutung zu. Bislang stellen kulturbasierte Nachweisverfahren den infektionsdiagnostischen Goldstandard dar, wenngleich diese durch zahlreiche Limitationen gekennzeichnet sind. In diesem Zusammenhang könnten kulturunabhängige, molekularbiologische Verfahren eine Alternative darstellen. Insbesondere das Konzept des plasmatischen Nachweises von zirkulierender, freier DNA mittels Next-Generation Sequencing (NGS) scheint ein vielversprechendes diagnostisches Verfahren bei Patienten mit Blutstrominfektionen darzustellen. Erste Untersuchungen legen nun nahe, dass die NGS-basierte Diagnostik unter Verwendung des sog. „Sepsis Identifying Quantifier“ (SIQ)-Score eine höhere Spezifizität und Sensitivität im Vergleich zu den herkömmlichen kulturbasierten Verfahren zum Nachweis von Blutstrominfektionen aufweisen könnte, wenngleich dies noch durch große Studien bestätigt werden muss.

Die hier vorliegende multizentrische, nicht-interventionelle, klinisch prospektive Studie mit dem Titel „Next Generation Sequencing Diagnostics of bacteremia in Sepsis“ (Next GeneSiS-Trial) soll zunächst die diagnostische Performance (Sensitivität, Spezifität, positiv prädiktiver Wert, negativ prädiktiver Wert, Interrater-Reliabilität mittels Kappa-Statistik) der NGS-basierten Diagnostik im Vergleich zur konventionellen kulturbasierten Diagnostik im Rahmen des Keimnachweises bei insgesamt 500 Patienten mit vermuteter bzw. nachgewiesener Sepsis (Kriterien gemäß Sepsis-3) untersuchen. Zudem soll die hier vorliegende Studie dazu dienen, die klinische Wertigkeit einer NGS-basierten Diagnostik retrospektiv abzuschätzen. Hierzu soll eine unabhängige Expertenrunde bei jedem einzelnen Patienten die Frage beantworten, inwiefern die zusätzliche Kenntnis der NGS-Resultate zu einer Veränderung der antiinfektiven Therapiestrategie geführt hätte. In weiteren Subgruppenanalysen soll außerdem noch auf die Wertigkeit der NGS-basierten Diagnostik bei Patienten mit einem Versagen der empirischen, antiinfektiven Therapie fokussiert werden. Das Therapieversagen ist definiert als (1.) der Tod des Patienten bzw. eine fehlende klinische Besserung (im Sinne eines inadäquaten Abfalls des SOFA-Scores) sowie (2.) persistierend erhöhte Procalcitonin-Spiegel (jeweils binnen der ersten 3 Tage nach Therapiebeginn).

Es erfolgt eine einmalige Erfassung der Basisdaten zum Zeitpunkt des Sepsisbeginns (=Onset). Die klinische Datenerhebung erfolgt ebenfalls zum Zeitpunkt des Sepsisbeginns (=Onset) sowie 3 (=72h) Tage später. Die kulturbasierte Diagnostik umfasst die leitliniengerechte Entnahme von 2 Blutkultursets (2x aerob / 2x anaerob) zu den gleichen Zeitpunkten (=Onset, 72h). Parallel hierzu werden Plasmaproben für die NGS-basierte Diagnostik sowie die Procalcitonin (PCT)-Bestimmung gewonnen. Zusätzliche Probenentnahmen für die NGS-basierte Diagnostik können binnen der ersten 3 Tage nach Sepsisbeginn immer dann erfolgen, wenn von Seiten des behandelnden Arztes die klinische Indikation zur Entnahme weiterer Blutkulturen (jeweils 2 Sets  2x aerob / 2x anaerob) gestellt wird. Mikrobiologische Routinebefunde aus anderen Probenmaterialien (z.B. OP-Abstriche, Drainagensekrete, Trachealsekret, Gewebeproben, etc.) werden in die Auswertung mit einbezogen, wenn diese in einem Zeitfenster von 72h vor oder nach der Gewinnung von Plasmaproben für die NGS-basierte Diagnostik asserviert wurden. Die abschließende Outcomeevaluation erfolgt zum Zeitpunkt 28 Tage (=28d) nach Sepsisbeginn.

Die studienbedingte Belastung des individuellen Studienpatienten umfasst die insgesamt zweimalige Entnahme von jeweils 19ml Vollblut für die NGS-basierte Diagnostik. Die minimale Gesamtbelastung beläuft sich daher auf die Entnahme von 38ml Vollblut binnen der ersten drei Tage nach Sepsisbeginn. Die PC
Keywords:
Sepsis

Involved staff

Managers

Faculty of Medicine
University of Tübingen
Anesthesiology and Intensive Care Hospital
Hospitals and clinical institutes, Faculty of Medicine

Local organizational units

Anesthesiology and Intensive Care Hospital
Hospitals and clinical institutes
Faculty of Medicine

Funders

Heidelberg, Baden-Württemberg, Germany
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