Designer-Transcription Activator-Effector-Chromatin-Affinitätsreinigung (dTALE-ChAP) - eine neuartige in planta Methode zur Aufklärung der Proteinbesetzung eines jeden Promoters der Wahl

01.08.2019 bis 31.07.2022

Die Dynamik des Proteoms und seine posttranslationale Regulation, die mit einem bestimmten Promotor verbunden ist, ist entscheidend für seine Aktivität als Reaktion auf Entwicklungsprozesse und Umwelteinflüsse. In Pflanzen gibt es jedoch noch keine Technik, die die quantitative In-vivo-Bestimmung Promotor-assoziierter Proteome ermöglicht. Das Projekt zielt darauf ab, eine solche Technik zu etablieren, die als Designer Transkriptionsaktivator-Chromatin-Affinitätsreinigung (dTALE-ChAP) bezeichnet wird. dTALE-ChAP basiert auf GFP-markierten dTALEs, die nach extern induziertem Transfer in den Kern spezifische DNA-Regionen innerhalb eines Promotors der Wahl erkennen und zur Affinitätsreinigung des nahegelegenen Chromatins verwendet werden. Anschließend werden das Chromatin-assoziierte Proteom und seine posttranslationale Modifikation durch Massenspektrometrie analysiert.